El nombre autóctono de San Julián es Cacaluta, de origen pipil. Hacia 1550 se calculó su población en unos 300 habitantes. A mediados del siglo XVIII era un pequeño poblado de apenas 20 lugareños dedicados al cultivo del bálsamo y cacao. El año 1770 perteneció al curato de Guaymoco (actual Armenia) y en 1824 formó parte del distrito de Opico en el departamento de San Salvador; tres años después lo fue de la jurisdicción del distrito de Izalco. En 1835 pasó al distrito de Quezaltepeque para retornar en 1836 al distrito de Izalco. De acuerdo a un informe municipal de 1859 la localidad producía algodón y café. En 1912 el pueblo obtuvo el título de «villa» y en 1966, el de «ciudad».